El muestreo aséptico es obligatorio para cualquier tipo de muestra que vaya a ser sometida a pruebas microbiológicas. En el muestreo aséptico, es esencial limitar el riesgo de contaminación de las muestras con las herramientas o el equipo utilizado durante la toma de muestras. Esto requiere el uso de herramientas estériles o desinfectadas y la aplicación de un protocolo confiable y probado para garantizar las mejores condiciones de higiene y la calidad de la muestra recogida.
Debe hacerse el máximo esfuerzo para evitar la contaminación de las muestras y reducir así el riesgo de resultados falsos en las pruebas. De hecho, las pérdidas económicas causadas por la contaminación pueden ser cuantiosas, por ejemplo, en el caso de un falso positivo debido a un muestreo no estéril, puede darse el caso de una confiscación de productos alimenticios o detener la producción para realizar una limpieza completa de la línea de producción.
